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1964年に「少年キング」で連載をスタートした石ノ森章太郎（当時は石森章太郎）による人気漫画「サイボーグ009」は、'60年代後半にTVおよび劇場版アニメが制作され、バラエティーに富んだサイボーグ達の活躍で人気を博した。また、2001年には新作アニメとして復活し、最新技術を駆使したクオリティの高いアニメーションで話題となった。本作は、'80年に公開された劇場アニメ完結編。宇宙の平和を守るため、00ナンバーズが悪魔タガス軍団と壮絶な戦いを繰り広げる。
地球に謎の宇宙飛行体がやって来た。そこから現れたのは、サバと名乗る異星人だった。サバの故郷・コマダー星は平和な星だったが、ダガス軍団に侵略されてしまい、サバの父であるコルビン博士は連れ去られてしまったという。サバは、助けを求めて地球までやって来たのだ。そんなサバを追って、ダガス軍団の宇宙船が来襲。00ナンバーズは、サバが乗ってきた宇宙船"イシュメール"を改造してダガス軍団に立ち向かう…。